Алоҳида эътиборни икки президент "бош кўтараётган сепаратизм масаласига" қаратган. Тожикистон президентининг матбуот хизмати бу музокаралар ҳақида қисқа ва умумий тусдаги хабар билан чекланган.
2023 йил январь ойида Тожикистонда “Ота-оналарнинг болаларни ўқитиш ва тарбиялашдаги масъулияти тўғрисида”ги қонунга ўзгартиришлар киритилди. Жумладан, ота-оналар фарзандларидаги сепаратистик майилларни рағбатлантириши тақиқланган. Шунингдек, ота-оналардан фарзандларини сепаратизм унсурларини ўз ичига олган контентни истеъмол қилишидан қайтаришлари шарт қилиб қўйилган. Мамлакат президенти Имомали Раҳмон 2019 йилда терроризм ва экстремизм билан бир қаторда сепаратизмни учта асосий иллатдан бири деб атади.
Экспертлар ҳукумат шундай йўл билан Тоғли Бадахшон автоном вилоятидаги эҳтимолий сепаратистик кайфиятларга қарши курашаётганини айтмоқда.
Халқаро эксперт Брюс Панниернинг айтишича, Бадахшондаги норозилик намойишлари пайтида ҳеч ким мустақилликка чақирмаган. Улар сепаратистлар эмас ва уларда бундай мақсад ҳам бўлмаган.
Ўзбекистон ҳукуматини ҳам сепаратизм муаммоси, жумладан Қорақалпоғистондаги кайфиятлар ташвишга солмоқда.
Ўзбекистон билан Тожикистон ўртасидаги муносабатлар президент Ислом Каримов ҳукмронлиги йиллари трансчегаравий дарёлардан фойдаланиш бўйича ихтилофлар сабабли совуб кетган эди. Натижада икки мамлакат ўртасида ҳаво ва автобус қатновлари тўхтаган, темир йўлнинг бир қисми демонтаж қилинган ва виза режими жорий этилган эди.
Шавкат Мирзиёев ҳокимият тепасига келганидан кейин ўзаро муносабатларда илиқлашув кузатилган. Хусусан, икки давлат президентлари бир неча марта ўзаро ташрифларни амалга оширишиб, стратегик шериклик тўғрисидаги шартномаларни имзолашган, ўзаро визасиз режим жорий этишиб, товар айирбошлаш ҳажмини 1 миллиард долларга етказишга келишиб олишган.